据中国知网《中国学术期刊影响因子年报（自然科学与工程技术）》2021年版数据：《中国科学院大学学报》2020年度复合影响因子为1.273，在283份自然科学与工程技术综合期刊中排名第17位（该283份期刊影响因子均值为0.587）；影响力指数CI值为232.548，在283份自然科学与工程技术综合期刊中排名第18位。稳居Q1区。

据中国科学技术信息研究所《中国科技期刊引证报告（核心版）》2021年版数据：《中国科学院大学学报》2020年度核心影响因子为0.686，在62份自然科学综合大学学报类核心期刊中排名第13位（该62份期刊影响因子均值为0.509），综合排名第13位。